较好的样品制备系统可为分析仪提供较好的样品，全自动过滤器这是光度/比色分析仪安装成功的关键。这种系统至少需要包含过滤介质。减少微粒对于保护分析仪的工作免于堵塞或涂层。开放式采样器分析仪设计用于处理小样本量，减少每次分析所需的试剂量，从而将运营成本降。因此，管道，泵，阀门和其他流体组件的流路很窄，过滤后的样品很容易堵塞。

一些样品制备系统需要外部泵或过程压力将样品输送到分析仪，而其他样品制备系统包括用于样品输送的泵。样品系统的安装需要小心。您需要在过程中放置样品系统过滤器，以提取代表性样品。此外，您需要选择适合应用的过滤器孔隙度。过滤器孔隙率应与实验室测试所用的相当。过滤器应易于接近，并且易于定期清洁。理想情况下，系统应提供空气反冲洗化学清洗的自动清洁。在可能存在油脂或油的进水装置中，化学清洁可能是需要的，同时还会导致过滤器或样品管堵塞的高生物活性。对于寒冷的天气环境，在样品系统管道上安装示踪或其他适当的加热选项。